Regulatory Genomics 개념과 ENCODE 프로젝트

Regulatory Genomics 개념

regulatory genomics 관련 자료를 찾아보다 아래 링크를 찾아 번역하여 정리하였습니다.

https://biology.stackexchange.com/questions/17810/what-does-regulatory-genomics-mean

Genome은 크게 두 파트로 나뉘어진다.

1. 단백질을 코딩하는 파트 (coding region)

2. 단백질을 코딩하지 않는 파트 (non-coding region)

이 때 단백질을 코딩하지 않는 두 번째 파트는 또 다시 두 개의 클래스로 나뉘어진다.

2-1. transcribe가 되어 생물학적인 활동을 하는 파트 (long noncoding RNA, miRNA, competing endogenous RNA 등)

2-2. transcribe가 안되는 부분 (unscribed non-coding region)

이 중에서 2-2번 unscribed noncoding region은 아마도 1번파트와 2-1번 파트에 regulation 작용을 할 것으로 생각된다. (transcription factor나 transcriptional coactivators/corepressors에 binding 함으로써)

※ transcriptional coactivators/corepressors는 gene의 시작부분 (promoter) 또는 멀리 떨어진 부분(enhancer)에서 해당 gene이 expression이 될지 안될지를 조절한다. enhancer은 gene과 멀리 떨어져있지만 3차원 상에서는 붙어있을 수 있기 때문에 gene expression을 조절할 수 있다. (genome은 세포 안에서 접혀져 있기 때문이다.)

Regulatory Genomics는 바로 genomics "features"라고도 불리는 이 unscribed non-coding region에 대한 연구이다. 어떻게 그들이 gene regulation을 하는지 알아내는 것이다. 이 분야의 연구의 대표적인 예는 ENCODE project의 파트로써 publish된 페이퍼들이다.

ENCODE 프로젝트 링크

http://www.nature.com/encode/#/threads

ENCODE 프로젝트 소개 (홈페이지 내용 번역)

ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements) 프로젝트는 National Human Genome Research Institute가 후원하는 프로젝트로써 genome 상에서의 transcription, transcription factor association, chromatin structure, histone modification을 밝혀내기 위한 프로젝트이다. 이러한 genome 상에서의 기능적인 요소들을 식별함으로써 현재 인간 genome의 80%의 부분이 최소 1개 이상의 biochemical function 을 한다는 것 알아내었다. 이러한 functional annotation에 관한 광활한 자원들은 genome과 유전자의 regulation과 oragnization에 있어 새로운 통찰력을 제공하고 있다.

ENCODE 관련 한글로 정리된 블로그

http://blog.daum.net/kimuks/7535222

https://madscientist.wordpress.com/2012/09/18/%EC%98%A4%EB%8A%98%EC%9D%98-%EB%85%BC%EC%9D%BD%EB%82%A8-%EC%97%94%EC%BD%94%EB%93%9C%EB%A5%BC-%EB%94%94%EC%BD%94%EB%93%9C%ED%95%98%EA%B8%B0/

Regulatory Genomics 및 Epigenomics 관련 강의 자료

https://simons.berkeley.edu/talks/regulatory-genomics-epigenomics