Domains/Bioinformatics

K-MERS 란

2017. 10. 12. 01:59

k-mer 이란


genomics에서 k-mers란 어떤 시퀀스가 주어졌을 때, 길이가 k 가능한 모든 substring의 집합이다.


위키피디아에 따르면 다음과 같다.

The term k-mer typically refers to all the possible substrings of length k that are contained in a string.


즉, 아래 시퀀스의 경우

ATCGAAGGTCGT


k=4이면 4-kmers는 아래와 같다.

ATCG  TCGA  CGAA  GAAG  AAGG  AGGT  GGTC  GTCG  TCGT


이를 이처럼 Sequence Assembly에도 활용할 수 있다.

Bioinformatics에서는 주로 k-mers가 어떤 시퀀스의 "시그니쳐" 를 나타낸다. 즉, 어떤 시퀀스에서 feature를 뽑을 때, 이 k-mers를 이용한다.

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  • 나그네 2018.01.25 16:36

    이해가 정말 잘됐어요 정말 감사합니다!