IGV Tutorial [BAM File]

IGV Tutorial

IGV(Intergrative Genomics View)는 게놈 데이터를 시각화하고 인터랙티브하게 볼 수 있는 생명정보학 툴이다. 또한 다양한 포맷의 데이터를 로드할 수 있어 매우 편리한 것 같다. array-based 데이터, ngs 데이터, annotation 데이터 모두 로드할 수 있다고 한다.

1. 다운로드

http://www.broadinstitute.org/software/igv/download

실행은 다운받은 폴더에서 igv.bat 을 실행하면 된다.

2. reference fasta 파일 로드

Genomes - Load Genome From File을 통해 reference file을 로드한다. 필자는 hg19 13번 염색체 fasta 파일을 로드하였다.

3. bam 파일 로드

File - Load from File에서 bam 파일을 로드한다. 이 때 bam 파일 인덱스 파일도 필요하다. IGV에서 로드하기 전에 samtools를 통해 bam 파일의 인덱스 파일을 만든다. bam 파일은 reference 에 mapping된 시퀀스 데이터를 나타내주기 때문에 이처럼 reference 파일과 같이 로드해야한다. bam 파일은 ENCODE 데이터 중에서 아무거나 가져와서 로드했다. 용량은 91.6Mb 정도 됐던 것 같다.

둘 다 로드를 완료하면 위 화면과 같이 나온다. 매핑된 부분이 옅은 회색으로 나오는 것을 볼 수 있다. 짙은 회색은 coverage를 나타낸다. bam 파일에는 어떤 reference 데이터에 매핑되어있는지를 이름으로 나타 내는데 만약 이 이름이 다르다면 bam 파일을 로드할 수 없다. 예를 들어, 앞서 로드한 reference fasta 파일의 >chr13 부분을 다르게 변경하면 bam 파일을 로드할 수 없다. 왜냐하면 bam 파일에는 chr13이라는 이름으로 align 되어있기 때문이다. 이 데이터는 ENCODE에서 받았는데 시퀀스가 이어져있지않고 조각조각 흩어져있다. "특정 기능" 을 하는 부분만 시퀀스 된 정보로 볼 수 있다. 저 회색 부분에 마우스를 올려보면 아래와 같은게 뜬다.

이는 그 리드의 기본적인 정보(이름, 길이)와 reference sequence에 매핑된 위치와 CIGAR 정보를 나타내준다.

참고

TreeGenes_IGV_Tutorial.pdf