윈도우 우분투에 GATK 설치하기

윈도우 1주년 업데이트(레드스톤 버전)부터 지원되는 윈도우 bash shell 기능을 통해 윈도우 우분투에 gatk를 설치하여보겠습니다.

1. 윈도우 커맨드를 열고 "bash" 명령어 입력을 통해 윈도우 bash shell 실행

윈도우 우분투를 이용하는 방법은 https://blogs.msdn.microsoft.com/eva/?p=7633 참고해주세요.

2. oracle java 1.8 버전 설치

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java8-installer

설치 후 java -version을 입력하고 아래와 같은 문구가 나오면 제대로 설치된 것입니다.

java version "1.8.0_131"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.131-b11, mixed mode)

3. GATK jar 파일 다운로드

https://software.broadinstitute.org/gatk/download/

4. 위의 jav 파일이 있는 곳으로 cd를 통해 이동 후, 아래 명령어 입력

java -jar GenomeAnalysisTK.jar -h