DNA 결합 단백질

DNA 결합 단백질

Regulatory Genomics 관련 논문을 읽던 중 DNA binding protein을 보고 몰라서 공부하였다.

DNA => RNA => Protein이 되는 과정에서 DNA=>RNA로 변하는 transcription 과정 중 DNA가 RNA로 변하는 것의 시작은 전사개시복합체(transcription initiation complex)가 Promoter 부분에 붙으면서 시작된다. 이 복합체 단백질 중 하나인 RNA중합효소2가 유전자를 전사헤 pre-mRNA를 만든다. 그 다음에 RNA Processing(5'캡 생성, 폴리A 꼬리 생성, 인트론 splicing)을 통해 mature mRNA가 생성된다.

이 과정에서 RNA 중합효소가 전사를 개시하려면 전사인자(transcription factor)라는 단백질이 필요하다. 이들은 보편전사인자(general transcription factor)라고도 불린다. 하지만 이것만 가지고는 전사개시속도가 매우 낮으며 특수전사인자라는 조절 단백질의 작용이 필요하다.

promoter 주변에는 DNA 시퀀스에는 근거리 조절요소가 있다. 그리고 유전자에 멀리 떨어져 있는 원거리 조절요소인 인핸서가 있다. (한 개의 인핸서는 하나의 유전자에만 작용하며, 한 유전자는 여러개의 인핸서를 갖을 수 있다. 인핸서에 붙는 단백질들은 특수전사인자라고 불리며 전사인자 종류중 하나라고 볼 수 있다 )

진핵생물에서 유전자 발현율은 인핸서의 조절요소에 활성자(activator) 또는 억제자(repressor)가 결합함에 따라 증가되거나 감소된다. 결합되는 부분은 DNA Binding site라고 불리는듯하다. 즉 인핸서의 조절 요소에 특정한 단백질이 붙어서 그 인핸서의 표적 유전자의 발현을 조절하는 것이다.  활성자 단백질은 RNA 중합효소를 promoter로 recruting한다. 그래서 전사속도가 빨라진다. 반면 억제자 단백질은 RNA 중합효소가 이동하지 못하게 하여 전사가 될수 없게 만든다.

이렇게 gene expression 조절을 수행하는 여러가지 형태의 단백질(RNA 중합효소, 활성자, 억제자 단백질)을 DNA 결합 단백질 (DNA Binding protein)이라고 하며 이들은 sequence specific하다. 즉, DNA Binding protein을 코딩하는 시퀀스에 문제가 있을 경우 해당 protein의 표적 유전자의 발현에 이상이 생길 수 있다. 그래서 DNA Binding protein의 sequence specificity를 안다면 표적 유전자를 알 수 있게 되고, DNA Binding protein 시퀀스의 disease causing variant를 파악하는데 도움이 된다.

이러한 Transcription factor 등과 같은 단백질에 결합하는 DNA 시퀀스를 알아내는 방법으로 CHIP-seq 방법이 있다.

참고 - 캠밸 생명과학