Genetics - Genetic Mapping3

 

Single Gene 2 alleles Model의 결점

앞서 살펴본 것들은 Single Gene 2 alleles 모델이다. 이는 현실과는 다른데 그 이유로는 아래와 같은 것들을 들 수 있다.

1. Penetrance : 질병 유전자가 반드시 형질의 변화에 영향을 주지 않고 suceptability에 영향을 줌

2. 하나의 유전자가 아니라 많은 수의 유전자가 형질에 관여함

3. Epistatsis : 유전자들간의 상호작용

4. 한 유전자에 많은 allele이 있을 수 있음 (ex. 혈액형 - 3개의 alleles)

5. 형질에는 환경이 관여한다. : (선탠을 하면 피부가 탄다-environment effect, 어떤 사람은 선탠을 하면 피부가 더 잘탄다-genotype, environment interaction)

Mutation Rate

Mutation Rate는 mutation이 한 번의 generation에 얼마나 발생하는지를 나타내는 수치이다. muation rate는 mutation을 어떻게 정의하냐에 따라 달라지긴하지만 보통은 어떠한 하 나의 base가 다른 base로 변경되는 것을 mutation이라고 한다. C elegans를 대상으로 muation rate를 조사해봤을 때, 2.1*10^-8 / per base / per generation 이었다. 이를 인간에 적용해보면 3.1*10^9 * 2.1*10^-8 = 65개의 새로운 mutation이 평균적으로 매 generation 마다 생겨나는 것을 알 수 있다. 그리고 실제 인간을 대상으로 mutation rate를 연구를 한 논문에서도 63개 정도의 mutation이 generation마다 평균적으로 발생한다고 밝혀졌다. 그리고 새롭게 생기는 mutation의 수는 아버지의 나이와 관련 있다. 아버지의 나이가 많을 수록 더 많은 수의 mutation이 평균적으로 발생한다. 그 mutation들 중에서 평균적으로 1~2개의 mutation이 해롭다고 한다.

QTL

양적 형질에 관여하는 것으로 예상되는 loci를 QTL이라 한다. 실제로 그것의 정확한 위치는 알 수 없지만 마커와의 연관을 통해 근사적으로 추론한다. 특정 양적 형질에 영향을 미치는 많은 QTL이 많이 발견되었다.

genotype-phenotype의 관계를 추론하는데 사용하는 근본적인 방법은 phenotype에 영향을 미치는 gene 근처의 마커와 phenotype의 연관(association)을 보는 것이다. A라는 마커의 genotype을 AA, Aa, aa라고 하고, AA인 사람의 키의 평균이 180cm, Aa인 사람의 키의 평균이 175, aa인 사람의 키의 평균이 170cm였다면, A가 disease와 연관이 있다고 볼 수 있다. 그리고 실제 QTL은 A 마커와 연관이 되어 있다고 추론할 수 있다. A 마커와 실제 QTL에 recombination이 거의 없을수록 A 마커의 effect는 크게 나타날 것이다. 

이는 마치 누군가가 실종되었는데, 그 사람의 위치를 정확하게 말하지 않고 "노스캐롤라이나 주" 라고 말하는 것과 같다. 따라서 많은 마커를 통해 실제 QTL의 위치를 specific 하게 찾는 것이 중요하다.

Localizing QTL

이러한 LOD plot을 통해 QTL을 localization할 수 있다. 이 그림을 통해 토마토의 10번 염색체 위의 마커들이 ph와 연관 되었음을 확인할 수 있다. 단순형질과 다른 점은 이러한 연관된 region이 한 군데가 아니라 여러곳에 존재한다는 것이다.

하지만 위 그림을 보고 B, C 사이에 QTL이 존재할 것이라고 생각하는 건 위험할 수 있다.

바로 위와 같은 상황이 있을 수 있기 때문이다. B, C 사이에 T가 있고 T의 연관은 적을 수도 있다. 이 상황에서는 B, C 사이에 한 개의 QTL이 있는 게 아니라 B 근처에 한 개, C 근처에 한 개가 있다고 볼 수 있다.

출처 - 코세라 Duke University 유전학 강의