Genetics - Genome-wide association study

GWAS의 원리

마커의 genotype 별로 질병의 비율을 본다. 이것이 임의로 생긴것인지 실제 질병에 연관이 있는건지를 검정한다. 그리고 이를 LOD plot과 같은 것으로 시각화 한다. 아래의 경우 A 마커주위의 LOD Score가 3 이상인(전통적으로 3이상이면 linkage가 있다고 본다. - https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_linkage) 지역에 위치한 gene이 질병과 연관이 있다고 볼 수 있는 후보가 된다.

Pedigree vs Population

Pedigree : family를 대상으로 양적표현형의 유전적 요소를 보는 것. 일반적으로 적은 gene에 대하여 연구하며 power가 크다. pedigree를 이용하는 경우는 recombination의 window가 크다. 그래서 많은 유전자를 mapping할 수 있다. 이것이 pedigree를 이용할 때의 장점이다.

Population : population을 대상으로 양적 표현형의 유전적 요소를 본다. 일반적으로 많은 수의 gene에 대하여 연구하며 power가 작을 수 있지만 많은 수의 연관 유전자를 찾을 수 있다.

왜 Population을 대상으로하면 power가 작을까?

1. pedigree를 통해 분석하면 popluation을 통해 분석했을 때보다 샘플의 유전적 근연도가 높다. 따라서 보고자하는 것 외에 다른 genotype은 비슷하게 고정시킬 수 있다.

2. popluation을 대상으로하면 rare variant를 테스트하기 힘들다. (샘플 수가 너무 작기 때문)

GWAS에 관한사실

1. GWAS는 common disease variant를 찾아내는데 잘 작동한다.

2. GWAS의 결과는 인종(ethnic group)별로 다를 수 있다.

 

 

GWAS의 간단한 예