반응형
GATK4 설치
이곳에서 원하는 버전 zip파일 다운로드
https://github.com/broadinstitute/gatk/releases
예를 들어, 4.0.1.1 버전이면 다운로드를 받은 후,
unzip gatk-4.0.1.1
명령어를 통해 압축을 풀면 설치가 끝난다.
만약에 binary 파일을 다른 곳에 위치시키고 싶다면(예를 들어 /usr/bin), gatk 파일을 카피해서 원하는 폴더 (/usr/bin)으로 옮긴다.
cp gatk /usr/bin
하지만 binary 파일이 다른 파일들과 떨어져있을 경우, 기존 폴더의 경로를 명시적으로 지정해주어야한다. 이는 환경변수를 지정함으로써 할 수 있는데 환경변수 $ GATK_LOCAL_JAR 을 gatk-package-4.0.1.1-local.jar 파일의 위치로 지정하면 된다.
예를 들어, export GATK_LOCAL_JAR=/home/gatk-package-4.0.1.1-local.jar 을 통해 환경변수를 지정하면, binary 파일이 떨어져있어도 실행 가능하다.
반응형
'Domains > Bioinformatics' 카테고리의 다른 글
| Functional genomics - Chip-seq 의 기초 (1) | 2019.09.05 |
|---|---|
| Samtools, Bcftools 설치 방법 (1) | 2018.05.14 |
| Chip-seq 데이터를 통한 binding motif 분석 [rGADEM] (0) | 2018.01.13 |
| Variant calling 이란? (0) | 2017.11.20 |
| IGV Tutorial [BAM File] (0) | 2017.10.16 |
