GATK4 설치


이곳에서 원하는 버전 zip파일 다운로드

https://github.com/broadinstitute/gatk/releases


예를 들어, 4.0.1.1 버전이면 다운로드를 받은 후,


unzip gatk-4.0.1.1 


명령어를 통해 압축을 풀면 설치가 끝난다.


만약에 binary 파일을 다른 곳에 위치시키고 싶다면(예를 들어 /usr/bin), gatk 파일을 카피해서 원하는 폴더 (/usr/bin)으로 옮긴다.


cp gatk /usr/bin


하지만 binary 파일이 다른 파일들과 떨어져있을 경우, 기존 폴더의 경로를 명시적으로 지정해주어야한다. 이는 환경변수를 지정함으로써 할 수 있는데 환경변수 $ GATK_LOCAL_JAR 을 gatk-package-4.0.1.1-local.jar 파일의 위치로 지정하면 된다.


예를 들어, export GATK_LOCAL_JAR=/home/gatk-package-4.0.1.1-local.jar 을 통해 환경변수를 지정하면, binary 파일이 떨어져있어도 실행 가능하다.