SAMtools BCFtools 1.8버전 설치


다운로드 링크

http://www.htslib.org/download/


설치 절차

1. 위 링크에서 우분투 운영체제 wget을 통해 samtools, bcftools tar.gz2 파일을 다운받는다.

2. tar -xvf [파일명] 을 통해 압축을 해제한다.

3. 이 때, 압축 해제는 아무데나 해도된다.


cd samtools-1.x    # and similarly for bcftools and htslib
./configure --prefix=/where/to/install
make
make install

4. 이후 /where/to/install/bin에 samtools binary 파일이 생성된다.

5. /usr/bin 에 심볼릭 링크를 만들어준다.


sudo ln -s /where/to/install/bin /usr/bin/samtools


6. samtools --version  명령어를 통해 잘 설치 되었는지 확인한다.


BCFTools도 이와 마찬가지 방법이다. 폴더 명만 바꿔주면된다.


'Domains > Bioinformatics' 카테고리의 다른 글

Functional genomics - Chip-seq 의 기초  (0) 2019.09.05
Samtools, Bcftools 설치 방법  (0) 2018.05.14
GATK4 설치  (0) 2018.02.20
Chip-seq 데이터를 통한 binding motif 분석 [rGADEM]  (0) 2018.01.13
Variant calling 이란?  (0) 2017.11.20
IGV Tutorial [BAM File]  (0) 2017.10.16