Lastz 설치 및 테스트

Lastz 설치

Lastz는 Large-Scale Genome Alignment Tool의 약자로 말그대로 큰 genome 시퀀스를 alignment하는 툴이다.

이 링크에 들어간 후 https://github.com/lastz/lastz

프로젝트 파일을 git을 통해 clone하거나 zip파일로 다운받은 후, 압축을 해제하여 README.lastz.html 이 파일을 웹 브라우저에서 연다.

 

이런 느낌의 html 문서가 나오는데 Installation 파트에 가면 설치 과정을 자세히 볼 수 있다.

다른 생명정보학 툴과 마찬가지로 리눅스 계열 운영체제에서 동작한다.

lastz\src 폴더에 들어가서

make

make install

이 명령어를 통해 두 개의 실행가능한 프로그램이 운영체제에 설치가된다. lastz, lastz_D인데 차이는 lastz는 integer score, lastz_D는 floating point score를 쓴다고 한다.

아래 커맨드를 입력했을 때 아웃풋이 나오지 않으면 설치가 제대로 된 것이다.

make test

그리고

./lastz

를 통해 lastz 프로그램이 동작하는지 확인해보자.

편하게 lastz 프로그램을 사용하기 위해 환경변수를 등록한다.

export PATH=[설치된경로]/lastz/src:$PATH

이제 어느곳에서나 lastz 명령어를 통해 프로그램을 실행할 수 있다.

아래는 lastz 명령어 실행시 나타나는 메시지. 타겟 파일 이름을 지정하라고 나온다.

You must specify a target file
lastz-- Local Alignment Search Tool, blastZ-like
  (version 1.04.00 released 20170312)
usage: lastz target [query] [options]
  (common options;  use --help for a more extensive list)
  target, query          specifiers or files, containing sequences to align
                         (use --help=files for more details)
......