CIGAR Format

CIGAR Format

출처 - https://genome.sph.umich.edu/wiki/SAM

/* 2017.8.13 by 3months. */

CIAGR Format은 어떠한 Sequence A가 reference genome에 align되어있을 때 이를 나타내 주는 포맷이다.

예를 들어, 아래와 같은 reference sequence와 Read가 있다고 하자. 이 Read를 reference sequence에 align 해보면

RefPos:     1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Reference:  C  C  A  T  A  C  T  G  A  A  C  T  G  A  C  T  A  A  C
Read: ACTAGAATGGCT

이와 같이 align 된다.

RefPos:     1  2  3  4  5  6  7     8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
Reference:  C  C  A  T  A  C  T     G  A  A  C  T  G  A  C  T  A  A  C
Read:                   A  C  T  A  G  A  A     T  G  G  C  T

이 때 이것을 나타내는 CIGAR Format은

POS: 5
CIGAR: 3M1I3M1D5M

이렇게 되는데 reference의 5번 position부터 시작해서 3개의 Matching, 1개의 insertion, 다시 3개 matching, 1개 deletion, 5개 matching 이라는 뜻이다. ref의 14번 position에 read와 시퀀스가 다르지만, align이 이렇게 되기 때문에 matching으로 쳐준다.

Lastz를 통한 CIGAR Format 생성

lastz_test.fa

lastz_test2.fa

의도적으로 lastz_test fasta 파일의 sequence에다가 4개의 sequence를 insert하고 2개의 sequence를 delete해서 lastz_test2.fa 파일을 생성하였다.

그 다음

lastz lastz_test.fa lastz_test2.fa --format=general:cigar > cigar.txt

를 실행 후, cigar.txt 파일을 열어보면

#cigar
208M4I163M2D138M

위와 같은 결과가 나왔음을 볼 수 있다. 결과를 해석하면 208개 matching 4개 insertion, 163개 matching 2개 deletion, 138개 matchin 이다.

2017.10.8 추가

lastz 사용해서 cigar을 얻을 때 다른 옵션을 주면 substitution도 고려가 가능하다.